FASTA FASTA는 단백질 서열과 염기 서열의 데이터 베이스에서 상동성이 높은 서열 검색을 위해 사용되는 분석 도구로서  염기 서열간의 비교와 단백질 서열간의 비교는 물론 염기 서열과 단백질 서열간의 비교도 가능하다.  질의어와 비교할  …

Functional Genomics   Genome Project 에 의해 제공된 DNA sequence는 functional genomics라는 새로운 분야를 만들게 되었다. 이것은 특정한 유전자가 속하는 경로들을 이해시켜 건광과 질환에 대한 해답을 제공할수…

Sarah Teichmann, Ph.D. From October 2001: Member of the scientific staff of the MRC at the MRC Laboratory of Molecular Biology Cambridge, UK and Resea…

PHYLIP (Phylogeny Inference Package) 다중서열 을 분석한이후 분자단위의 계통학적 분석을 위해서는 PHYLIP이 많이 사용되고 있다. PHYLIP은 현재 30여개 프로그램으로 이루어진 패키지로서 계통발생 분석의 거의 모든 부분을 다루…

Ortholog vs Paralog Paralog 한종 내에서 유전자 서열은 비슷하지만 기능적으로 다른것 사람 A1gene VS 사람 A2gene ex) 알파 헤모글로빈 VS 베타 헤모글로빈 

Primer http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/images/0/00/Primer-2.jpg DNA의 이중가닥이 helicase 에 의해서 풀어지게 되면 ATG부터 polymerase I 에 의해서 전사가 일어나게 된다. 하지만 P…

Hidden Markov Model (HMM) Hidden Markov model (HMM)은 모델링하는 시스템이 미지의 변수를 가진 Markov process 일 것이라고 가정하여,  관측된 변수로 부터 숨겨진 변수를 결정하려는 하나의 통계모델 이다. Reg…

생정보학 사전(Bioinformatics Dictionary) ※ 단어 빨리찾기 : Ctrl + F 누르시면 됩니다. Jackknife Jumping Gene

BLAT은 DNA나 단백질 서열들을 BLAST 와 같은 기존의 프로그램보다 더 빠른 속도로 pair-wised alignment 를  하는 프로그램으로, Genome browser를 개발한 University of California, Santa Cruz에서 …

한개의 염기서열의 차이를 이용하는 것을 말한다.  1번 개체 AC C ATG 2번 개체 AC T ATG  두 개체간의 염기서열의 차이를 이용하게 된다. 예를 들어 특정 질병에 잘 걸리는 집단과 잘 걸리지 않…